Lietuva iki Kristaus (1 salė)

Seniausi paleolito ir mezolito laikotarpio radiniai supažindina su pirmųjų Lietuvos gyventojų darbo įrankiais ir ginklais iš titnago. Paleogeografiniai žemėlapiai atspindi Lietuvos teritorijos formavimąsi. Rodoma įspūdinga mezolito laikų žynio kapo rekonstrukcija. Eksponuojama neolito laikotarpio archeologinė medžiaga, susijusi su medžiokle, namų ūkiu, žvejyba, ankstyvąja žemdirbyste, menu, tikėjimu. Pristatoma itin daug Šventosios neolito gyvenviečių radinių, kurių unikaliausią ir brangiausią dalį sudaro dirbiniai iš medžio, kaulo bei gintaro. Šie radiniai atkuria žmonių buitį ir dvasinį gyvenimą. Vėlyvąjį neolitą reprezentuoja įspūdinga Pamarių kultūros keramika iš Nidos gyvenvietės. Pamarių kultūros ir baltiškų vietovardžių paplitimo žemėlapiai perteikia baltų kultūros formavimosi istoriją. Ekspozicijoje atspindėti žalvario ir ankstyvasis geležies amžiai.

Lietuva iki valstybės susidarymo (2 salė)

Eksponatai apima daugiau kaip tūkstančio metų pokristinės eros istoriją. Žmonių buities, gyvensenos raida nuo I iki XIII a. išdėstyta atskiromis temomis: mainai ir prekyba, žemdirbystė, metalurgija, ginkluotė, raitelis ir žirgas, verpimas ir audimas, keramika. Šioje ekspozicijos dalyje rodomi darbo įrankiai, ginklai ir kiti buities daiktai iš piliakalnių, gyvenviečių bei kapaviečių.

Lietuvių tautos etninę istoriją pristato baltų gentys: lietuviai, jotvingiai-sūduviai, aukštaičiai, sėliai, žiemgaliai, žemaičiai, skalviai, lamatiečiai ir kuršiai. Kiekvienos genties gyventoji teritorija pažymėta V–XII a. baltų genčių žemėlapyje. Etninė istorija parodyta per laidojimo paminklų radinius, būdingiausius papuošalus. Eksponuojama po kelis kiekvienos genties vyrų, moterų ir vaikų kapų įkapių komplektus. Ekspozicija baigiama visų baltų genčių žemėlapiu su karaliaus Mindaugo Lietuvos valstybės kontūrais jame.

Atskirą ekspozicijos dalį sudaro aprangos rekonstrukcijos. Remiantis kapų radiniais aprengtos šešios „šeimos“, prie jų drabužių priderintos tikslios papuošalų ir ginklų kopijos.