Lietuviški žemėlapiai (1 kambarys)

Įvadinėje salėje eksponuojama išskirtinė K. Varnelio kolekcija – žemėlapiai. Eksponuojamas seniausias (1576 m.) Vilniaus miesto planas iš Georgo Brauno Pasaulio miestų atlaso Trečiosios knygos, impozantiškas renesansinės kartografijos pavyzdys – Mikalojaus Kristupo Radvilos Našlaitėlio žemėlapis (antrasis leidimas – iš 1631 metų Willemo Blaeu atlaso), 1735 metų Mažosios Lietuvos žemėlapis (su pridėtu Gumbinės planu), žymintis Zalcburgo kolonistų apgyvendintas vietas.

Istorinių portretų galerija (2 kambarys)

Studijuodamas Vienos meno akademijoje ir vėliau, gyvendamas Junginėse Valstijose, K. Varnelis rinko lietuviškos ikonografijos kolekciją. Eksponuojami vėlyvųjų Lenkijos karalių ir Lietuvos didžiųjų kunigaikščių ir jų šeimos narių (iš Vazų, Vettinų dinastijų) grafiniai portretai, lietuvių didikų portretai – Kristupas Radvila, Mikalojus Kristupas Radvila Našlaitėlis, Mykolas Kazimieras Pacas, Kazimieras Leonas Sapiega.

Eriko Dahlbergo graviūros (3 kambarys)

Čia lankytojai supažindinami su specifine šių namų-muziejaus eksponavimo tvarka – įvairių epochų, stilių, žanrų, rūšių eksponatai derinami tarpusavyje. Ekspozicija yra menininko ir kolekcionieriaus kūrinys, jo skonį bei įsitikinimus atspindinti instaliacija, bandymas sukurti miniatiūrinį pasaulio meno istorijos muziejų. Šio kambario akcentas (šalia senosios, su Lietuvos kultūros bei politiko istorija susijusios grafikos, istoristinių baldų ir skulptūrų) yra pagal švedų karininko E. Dahlbergo piešinius parengtos vario graviūros, vaizduojančios Abiejų tautų respublikos laikotarpio kautynes – mūšius prie Sandomežo, Pilypavo, Lietuvos Brastos.

Vakarų Europos graverių šedevrai (4 kambarys)

K. Varnelis savo kolekcijoje kaupė išskirtinius Vakarų Europos dailės meistrų estampus. Žymiojo vokiečių renesanso genijaus A. Dürerio kūrybą atspindi jo vario raižinys Šv. Eustachijus (1501 m.). Šalia jo eksponuojamas vienas žymiausių vėlyvojo prancūzų renesanso – ankstyvojo baroko grafikos korifėjaus J. Callot darbas – Šv. Antano gundymas (1635 m.) – ofortas, įkvėptas krikščioniškosios vienuolystės pirmtako vizijų ir kupinas neramios dailininko gyvenamojo meto dvasios. K. Varnelio Vakarų Europos grafikos rinkinyje yra trys atspaudai iš F. Goyos serijos Los Caprichos (1799 m.). Čia pat galima pamatyti G. B. Piranesi‘io, H. Goltziaus, F. Villamenos darbų.

K. Varnelio Pasivaikščiojimai (5 kambarys)

Vėlyvąjį, paskutiniais dešimtmečiais sukurtų darbų laikotarpį pats menininkas K.Varnelis yra pavadinęs Pasivaikščiojimais – tai kur kas laisvesnė (tapybiniu požiūriu), konkretesnė (vaizduojamų objektų prasme) tapyba, kurioje gilinamasi į organinių-neorganinių struktūrų, architektūrinių detalių formas ir tapybišką jų žaismę. Pasivaikščiojimai yra devintajame-dešimtajame dešimtmečiais Amerikoje ir jau Lietuvoje kurtas paveikslų ciklas, keli darbai iš šios serijos eksponuojami šiame kambaryje.

K. Varnelio Vakarų Europos ir Amerikos vaizduojamosios bei taikomosios dailės rinkinys (6-10 kambariai)

Pirmajame Mažosios gildijos pastato aukšte – ten, kur šešioliktame-septynioliktame amžiais virė intensyvus prekybinis gyvenimas – K. Varnelis eksponuoja beveik penkiasdešimt metų nuosekliai kauptą Vakarų Europos ir Amerikos vaizduojamosios bei taikomosios dailės rinkinį. Tai tapybos, skulptūros, grafikos, baldininkystės, keramikos, tekstilės objektai. Iš seniausių eksponatų būtų ankstyvojo italų renesanso tapyba, nemažą dalį sudaro prancūzų ir anglų tapytojų, skulptorių (J. M. Nattier, A. Ramsey, F. L. Chantrey, F. J. Bosio) sukurti portretai, renesansiniai ir barokiniai baldai (skrynios, krėslai, stalai), smulkioji devynioliktojo amžiaus bronzinė plastika (F. S. Remingtono Mustango tramdytojas) renesansinės bei neorenesansinės italų majolikos, vokiško, prancūziško porceliano pavyzdžiai.

Paskutiniųjų dešimtmečių K. Varnelio tapyba (11-15 kambariai)

Buvusio Masalskių namo pirmajame aukšte eksponuojami vėlyvieji K. Varnelio tapybos darbai. Tai nuolat atnaujinama ekspozicija, kurioje dailininkas lankytojus supažindina su naujausiais savo kūriniais. Pastaraisiais dešimtmečiais dalininkas pasuko iš geometrinės abstrakcijos į figūratyvinę tapybą. Dominuoja dvi tendencijos – Pasivaikščiojimų bei jiems stilistiškai artimų darbų įkūnytas „formalusis realizmas“, kuriame svarbios tapybinėmis priemonėmis išgautos abstrahuotos skulptūriškos formos ir natiurmortais išreikštas „naujasis daiktiškumas“. Dvyliktajame kambaryje, šalia K. Varnelio tapybos, renesansinių ir vėlesnės stilistikos baldų (kėdžių, krėslų, stalų) galima pamatyti tipišką viduramžišką atvirą židinį – virenę.

K. Varnelio opartas (16-26 kambariai)

Pasaulyje ir JAV tarp meno gerbėjų ir specialistų K. Varnelis žinomas bei vertinamas kaip oparto ir minimalizmo tapytojas bei skulptorius. Dešimtyje muziejaus antrojo aukšto salių eksponuojama dailininko kūrybinio „aukso amžiaus“ kolekcija. Tai gerą dešimtmetį – nuo septintojo dešimtmečio pabaigos visą aštuntąjį dešimtmetį apimanti menininko kūrybinės raidos fazė. Būtent šių darbų dėka K. Varnelis atstovauja tapybinei Čikagos optinio meno ir minimalizmo mokyklai ir yra vienas ryškiausių jos atstovų. Dešimtyje kambarių eksponuojami žymieji, chrestomatiniai K. Varnelio paveikslai (Kubų ansamblis, Kristalinės kaskados, Convex Plus Concave, Netikras labirintas) ir erdvinės konstrukcijos.

Tolimųjų Rytų meno rinkinys (27-30 kambariai)

Kinų ir japonų vaizduojamąją bei taikomąja dailę K. Varnelis rinko dėl savo simpatijų Tolimųjų Rytų kultūroms. Keliuose Mažosios gildijos kambariuose eksponuojama kiniška bronza ir porcelianas, lako technikos bei baldininkystės pavyzdžiai, japoniški peizažai, kaligrafija, medžio graviūros.

K. Varnelio kolekcija ir kūryba (31-32 kambariai)

Buvusiose reprezentacinėse Mažosios gildijos salėse eksponuojama ir opartinė K. Varnelio tapyba ir jo kolekcijos (Vakarų Europos taikomoji dailė) objektai. Menininkas, kurdamas ekspoziciją užmezgė dialogą tarp modernių paveikslų ir senosios taikomosios dailės dirbinių. Asketiška minimalistinė tapyba kontrastuoja renesansinėmis ir barokinėms baldų, porcelianinių statulėlių formoms.

Modernusis pramoninis dizainas (33 kambarys)

Paskutiniajame K. Varnelio muziejaus kambaryje eksponuojami daiktai iš menininko darbo kabineto Čikagoje. Tai penktojo-septintojo dešimtmečių pramoninio dizaino pavyzdžiai. Kai kurie jų jau yra tapę klasika: 1937 metais Pasaulinėje Paryžiaus parodoje sensaciją sukėlusi A. Aalto vaza, Ch. Eameso medinė kėdė (1945 m.), Ch. ir R. Eamesų vingiuotų formų širma (1968 m.). Marmurinis stalas, esantis šios salės viduryje yra paties K. Varnelio darbo, sukurtas septintajame dešimtmetyje ir kartojantis jo minimalistinės tapybos formas.

K. Varnelio biblioteka (34-36 kambariai)

Svarbią ir išskirtinę K. Varnelio namų-muziejaus dalį sudaro biblioteka. Tai iš daugiau nei septynių tūkstančių vienetų sudarytas knygų rinkinys. Tematiškai jis sudarytas iš kelių dalių: meno istorijos knygos (albumai, monografijos, studijos, straipsnių rinkiniai), knygos kaip meno kūriniai (daugiausia devynioliktojo-dvidešimtojo amžiaus pirmosios pusės nedidelio tiražo, vienetiniai leidiniai, pasižymintys unikaliomis knygrišystės, knygos dizaino, iliustravimo savybėmis), lituanistika (P. Ruigio Meletemos rankraštis, lietuviškosios istoriografijos klasika, spaudos draudimo laikotarpiu Prūsijoje bei JAV leistos lietuviškos knygos). Bibliotekoje eksponuojami trys aštuonioliktojo amžiaus paveikslai iš Grincevičių giminės protėvių galerijos, čia saugomi lietuviškieji ir Lietuvos XVI–XVIII a. žemėlapiai.